Khi cả nước đang căng mình phòng chống sự lây lan của đại dịch Covid-19, anh không quản ngày đêm tham gia lấy mẫu xét nghiệm cộng đồng tại thị xã Hoài Nhơn, tham gia điều trị hơn 300 ca F0 tại Bệnh viện Y học cổ truyền và Phục hồi chức năng tỉnh (từ tháng 7/2021 đến tháng 01/2022). Anh vận động tổ chức và phát triển mô hình chuyến xe nghĩa tình Bình Định, hỗ trợ hơn 20 tấn rau, củ, quả, lương thực cho bà con khu phong tỏa do dịch Covid-19; xây dựng và phát triển mạnh mẽ mạng lưới “Bình Định - Hỗ trợ điều trị F1, F0 tại nhà” với hơn 30 nhân viên y tế, hỗ trợ cho hơn 1.000 người; phát động, thực hiện và trao tặng hơn 2.000 kính chắn giọt bắn cho tuyến đầu chống dịch...

Năm 2021, bác sĩ Lê Ngọc Thường vinh dự được Thủ tướng Chính phủ tặng Bằng khen vì đã có nhiều đóng góp cho công tác xã hội trên địa bàn tỉnh Bình Định; Bằng khen Bộ trưởng Bộ Y tế về thành tích xuất sắc trong phong trào hiến máu tình nguyện.